Daerah Segamat dibahagikan kepada 11 mukim. Setiap mukim ditadbir oleh Penghulu atau Ketua Kampung mewakili Pegawai Daerah untuk tugas harian.Mukim-mukim di Segamat adalah seperti berikut:-

• Mukim Sungai Segamat – penempatan berdekatan bandar dengan lebih separuh penduduk
• Mukim Gemereh – Mukim terkecil di Segamat
• Mukim Bekok – Mukim terbesar di Segamat
• Mukim Jabi
• Mukim Sermin
• Mukim Buloh Kasap
• Mukim Jementah
• Mukim Pogoh
• Mukim Labis
• Mukim Chaah
• Mukim Gemas

Mukim Sungai Segamat merupakan penempatan yang padat kerana kebanyakan penempatan dibina berdekatan bandar. Populasi penduduk yang padat di Segamat adalah di Mukim Gemereh diikuti Mukim Sungai Segamat dengan lebih 200 penduduk per km2. Mukim Bekok merupakan mukim paling sedikit penduduk dengan 50 penduduk per km2.

Kerajaan Tempatan

Terdahulu, daerah Segamat dibahagikan kepada 2 daerah pentadbiran iaitu Majlis Perbandaran Segamat dimana kawasan dari pusat Bandar Segamat sehingga utara Daerah Segamat sebelum ini dikenali sebagai Majlis Daerah Segamat Utara dan Majlis Daerah Labis di pekan Labis hingga ke selatan Daerah Segamat dahulunya pula dikenali sebagai Majlis Daerah Segamat Selatan. Bermula 1 Januari 2018, Kerajaan telah mengiktiraf Majlis Daerah Segamat dan menaiktaraf kepada Majlis Perbandaran oleh Menteri Besar Johor. Penduduknya seramai 207,000 orang terutama Melayu,Cina dan India.

Bahagian Utara

• Pekan Buluh Kasap
• Pekan Batu Anam
• Kampung Bumbun
• Kampung Sermin
• Gemas Baharu
• Kampung Paya Lang 1,2&3
• Felda Palong Timur
• Kampung Kadut

Bahagian Timur

• Pekan Pemanis
• Pekan Sepang Loi
• Felda Kemedak
• Bandar Perwira Jaya
• Kampung Gelang Chinchin

Bahagian Tengah

• Kampung Tengah
• Kampung Seberang Stesyen
• Kampung Tungku Tiga
• Kampung Lubuk Batu
• Kampung Berata
• Kampung Kedondong

Bahagian Selatan

• Kampung Melayu Raya
• Pekan Tenang
• Kampung Bukit Mambai
• Kampung Sekijang
• Felda Kemelah
• Bandar Labis
• Pogoh
• Desa Temu Jodoh
• Bekok
• Chaah

Bahagian Barat

• Pekan Jementah
• Kampung Paya Jakas
• Felcra Tebing Tinggi
• Kampung Batu Badak
• Kampung Sungai Siput
• Kampung Tasek
• Kampung Alai
• Kampung Seberang Batu Badak